Prof. Dr. İrfan Aycan, 1961 yılında Bolu ilinin Gerede ilçesinde dünyaya gelmiştir. 1977 yılında Ankara Merkez İmam Hatip Lisesi’nden mezun olmuş, lisans eğitimini 1982 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde tamamlamıştır. Yüksek Lisans eğitimini 1985 yılında Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü İslam Tarih Bilim Dalı’nda “Hicri İlk Üç Asırda Zübeyri Ailesinin Siyasi ve İlmi Hayattaki Yeri“ başlıklı tezi ile tamamlamıştır. 1986 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi İslâm Tarihi Anabilim Dalında araştırma görevlisi olarak göreve başlayan Aycan, 1987 Şubat-1988 Ağustos tarihleri arasında Suudi Arabistan’ın Riyad şehrinde bulunan Kral Suud Üniversitesi’nde dil eğitimi almıştır. 1990 yılında “Muaviye b. Ebi Süfyan ve Devlet Politikası” adlı tezi ile İslam Tarihi doktoru unvanı almaya hak kazanmıştır. 1993 yılında doçent unvanı alan Aycan, 2000 yılında profesör olarak atanmıştır.
Prof. Dr. İrfan Aycan, 1995-2002 yılları arasında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde dekan yardımcılığı görevinde bulunmuştur. Sonrasında sırasıyla 2003-2014 yılları arasında Milli Eğitim Bakanlığı Din Öğretimi Genel Müdürlüğü, 2014-2017 yılları arasında YÖK Denetleme Kurulu Üyeliği yapmıştır.
Emeviler Dönemi, Muaviye b. Ebu Süfyan, Müslüman Azınlıklar tarihi üzerine yazılmış kitaplarına ilaveten İslam tarihi alanında çok sayıda makale, kitap bölümü ve ansiklopedi maddesi kaleme alan Prof. Dr. İrfan Aycan’ın genel koordinatörlüğünde 2017 yılında başlayan Tarihte Müslümanlar Projesi, İslam tarihindeki devletleri, önemli ilim adamlarını, kırılma anlarını kapsayacak şekilde planlanmış ve 180 akademisyen tarafından kaleme alınan yaklaşık 1400 madde 8 cilt olarak yayımlanmıştır. 2019 yılında başlayan bir diğer proje kapsamında ülkelerinde azınlık olarak yaşayan Müslümanların durumu 5 ciltlik bir esere konu edinilmiştir.
6 Ekim 2022 tarihinde Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dekanlığına atanan Prof. Dr. İrfan Aycan, evli ve üç çocuk babasıdır.